Марина народилася 8 жовтня 1892 р. у Москві. Її батько, Іван Володимирович Цвєтаєв, хоч і був сином бідного сільського священика, зумів стати видатним мистецтвознавцем — він очолював кафедру Московського університету і все життя присвятив організації Музею образотворчих мистецтв. Його перша дружина і незабутня кохана — Варвара Дмитрівна Іловайська — померла від туберкульозу у віці 32 років, лишивши його з двома дітьми, Валерією й Андрієм. Безпорадний у побуті, вдівець змушений був шукати нову господиню. Нею стала вдвічі молодша за нього 22-річна Марія Олександрівна Мейн — талановита піаністка, всебічно освічена дівчина із широким колом зацікавлень і з власними трагедіями. Вона втратила матір на третьому тижні життя, зростала відлюдькувата і вже у 6 років студіювала наукові книги з міфології. Глибокий слід у її душі залишило й палке кохання до одруженого чоловіка, обірване її батьком, але так ніколи і не забуте.
Для Івана Володимировича завжди на першому місці був музей, тоді як молода дружина займалася ще й вихованням дітей — прийомних і власних (за 2 роки після Марини народилася Анастасія). Очевидно, її особисте сирітське дитинство позначилося на стосунках із доньками: не відчуваючи з ними психоемоційного зв’язку, мати лишилася у їхніх спогадах «неврівноваженою, вимогливою, гордливою і деспотичною».
Нескінченні побутові клопоти поставили хрест на мистецьких амбіціях Марії Олександрівни, тому вона хотіла бачити втілення своїх нереалізованих прагнень у нащадках. Її уроки сольфеджіо та гри на фортепіано для маленької Мусі (так звали в сім’ї поетесу) були справжньою каторгою. «Мати не виховувала — випробовувала… З першої й до останньої хвилини давала — і навіть давила! — писала вона у мемуарах. — Мати заливала нас музикою (із цієї Музики, яка обернулась Лірикою, ми вже ніколи не випливли — на світло дня!). Мати заживо поховала себе всередині нас — на вічне життя». У 5-річному віці Марина вступила до музичної школи, а через два роки вже виступала на концертах, хоча ніколи не мала артистичного запалу. Сестер Цвєтаєвих виховували суворо й аскетично.
Повністю підконтрольні батькам, вони за межами родини фактично ні з ким не спілкувалися, весь час вивчали мови і читали. Марія Олександрівна вкрай рідко хвалила вихованок-доньок, майже не помічала їхніх успіхів — на відміну від найменших провин. «Після такої матері мені залишилось одне: стати поетом», — підсумовувала Марина, яка в 4 роки почала віршувати (російською, німецькою і французькою). Це захоплення дуже розчаровувало матір, вона забороняла дівчинці писати і навіть ховала від неї папір.
Як зазначає дослідниця Наталія Гвелесіані, Муся стала жертвою тонкого, неусвідомленого дорослими духовного садизму. Вона змалечку відчувала себе нелюбимою дитиною, часто ображалася, мала різкі зміни настрою. Так описувала поетеса себе у віці 7 років: «Я: пристрасна любов до читання і писання, байдужість до ігор, любов до чужих, байдужість до своїх, запальність, що переходить у лють, надмірне самолюбство, лицарство, дикість, байдужість до болю, стриманість і соромливість у ласці, норовливість, опір, бажання загубитись, зникнути, повна відсутність безпосередності… Вся — кутами, вістрями». На думку психолога Ірини Кармінської, саме сильні розриви емоційних зв’язків спричинили розвиток в обох сестер ранньої короткозорості.
